咽肌麻痹症状有，单侧咽肌麻痹以吞咽困难和梗阻为特征，吃流质食物时更明显，容易呛人。双侧咽肌麻痹时，常出现反流，而固体食物可吞咽，吞咽困难在发病后期加重，甚至完全不能吞咽。
如果再加上喉感觉或运动功能障碍，很容易误将食物吸入下呼吸道，导致吸入性气管炎、气管肺炎，容易导致窒息以及肺部炎症。
咽部麻痹可分为完全性或不完全性、单侧或双侧，单侧瘫痪通常无症状，而双侧瘫痪更为严重。由于软腭麻痹，鼻咽不能闭合，病人说话时有鼻音。