导致肠道溃疡的原因有很多，需要明确具体原因针对病因治疗，常见的原因包括溃疡性结肠炎、克罗恩病、溃疡型肠结核、细菌性痢疾、阿米巴肠病、肠白塞病等。
如果做电子结肠镜检查发现有肠道溃疡，需要做病理检查明确原因。如果怀疑细菌性痢疾，需要做大便常规以及大便培养。怀疑肠道白塞病需要做免疫学相关检查，比如抽血查自身抗体。怀疑阿米巴肠病时，要警惕粪便中是否能查出阿米巴滋养体。
如果是溃疡性结肠炎等炎症性肠病导致的肠道溃疡，需要及时用美沙拉嗪治疗。溃疡性肠结核，需要及时全身用抗结核药物治疗。细菌性痢疾、阿米巴肠病等需要抗感染治疗，肠白塞病需要应用一些免疫抑制剂或激素治疗。