真菌性食管炎的确诊主要是通过内镜检查，在进行内镜检查时取病变处的组织进行活检，只要是进行检查时发现组织内有真菌以及芽孢，即可以确诊。
内镜检查是诊断真菌性食管炎的重要检查方法之一，在进行检查时会发现食管黏膜出现水肿、充血、溃疡等症状。
另外，真菌性食管炎确诊除了内镜、组织病理活检外，还需要辅助性地进行检查血常规、血清学试验、X线钡餐等项目。根据相关的检查结果，也可以与食管静脉曲张、食管癌、化脓性食管炎等疾病进行鉴别诊断。