先天性拇内翻最常见的症状就是疼痛，主要以慢性疼痛为主，在走路过多时，疼痛会比较明显，休息后可逐渐的缓解。
如果是重度的先天性拇内翻，疼痛会比较严重，甚至会影响到日常的行走。由于存在畸形，还会导致足部受力不均衡，容易出现走路不稳或站立不稳的情况。
由于拇指内翻畸形使足部的形状出现了变化，在穿鞋时会导致局部的疼痛加剧，甚至会使局部的皮肤出现破溃。如果长期不进行治疗，由于关节受力不均衡，会使局部出现关节炎。