真菌性食管炎不会导致萎缩性胃炎。真菌性食管炎是真菌感染引起的食管炎症，一般多发生在老年、有糖尿病、免疫缺陷病，或口服糖皮质激素、免疫抑制剂等病人中。真菌性食管炎可以引起食管黏膜的水肿、糜烂和溃疡等改变，治疗上需要应用抑酸药和抗真菌药物治疗。
慢性萎缩性胃炎，是由长期慢性炎症引起的腺体萎缩和化生所致。常见的病因：
一、幽门螺杆菌的感染。
二、十二指肠胃反流。
三、药物和毒物对胃黏膜的损伤，服用非甾体类抗炎药或环氧化酶-2选择性抑制剂是最常见的病因。许多毒素也可以损伤胃，其中以酒精最为常见。酒精和非甾体类抗炎药两者联合作用，对胃黏膜会产生更强的损伤。
四、自身免疫。体内出现了B细胞和内因子的抗体。
五、年龄。老年人胃黏膜可出现退行性改变。
这些病因中并不包括真菌感染，所以真菌性食管炎不会导致萎缩性胃炎。