过敏性结肠炎一般不会引起食道反流。过敏性结肠炎与过敏反应有关，比如对药物、食物以及一些寄生虫过敏，表现为恶心、呕吐、腹痛、腹泻，这类疾病不会导致反酸、烧心等食道反流的表现。
可以做电子结肠镜检查，结合患者的药物和食物过敏史，以及抽血化验嗜酸性粒细胞增高，诊断过敏性结肠炎。食道反流主要和食道抗反流屏障结构或功能发生障碍有关，比如食管裂孔疝，从而导致胃内的食物和消化液反流到食道，损伤食道黏膜，可以做电子胃镜检查明确诊断。
过敏性结肠炎明确诊断后，首先需要停用可疑的食物和药物，可以用糖皮质激素或免疫抑制剂治疗，食道反流主要用抑酸药和促动力药治疗。