肛瘘需要手术治疗，因为肛瘘需要通过手术，将瘘管以及内口完全切开或者切除，才能完全治愈。
肛瘘手术方式，包括肛瘘切开术、肛瘘切除术、肛瘘挂线术，以及LIFT手术、肛瘘栓、瘘管镜等。患者需要去医院就诊，进行相关检查明确肛瘘类型，选择相应的手术方式。肛瘘手术在治愈疾病的同时，需要尽量减少对肛门括约肌的损伤。所以肛瘘患者一经明确诊断，应及时行手术治疗，避免因瘘管反复感染，将单纯性肛瘘变成复杂性肛瘘，增加后期治疗的难度。
但对于一些特殊疾病引发的肛瘘，应先治疗积极控制原发疾病后，再行肛瘘手术治疗，例如结核性肛瘘，以及克罗恩病引发的肛瘘。