脑干出血的后遗症有很多种，可以根据脑干出血的部位，是中脑、脑桥还是延髓，出血的部位是靠前还是靠后。
还有脑干出血的出血量，所表现的后遗症是不一样的，一般轻度的脑干出血，可以遗留有头晕、头痛的症状，还可以有肢体的麻木、无力的改变，患者有时出现走路不稳，有时有向前仰、向后仰的表现。可出现言语的障碍，出现言语不清，还可有患侧的面部及肢体的感觉减退，部分患者还可出现吞咽困难、咀嚼费力、饮水呛咳、声音嘶哑等症状。
如果是脑干大量的出血，患者可出现神志不清、四肢出现瘫痪、瞳孔缩小，有时重者只有眼球运动，其它部位都不能动的症状，昏迷可引起误吸导致吸入性肺炎，重者出现感染性休克，痰堵气道出现窒息的可能，还可并发泌尿系感染、离子紊乱，出现高渗、低渗、高钾、低钾的改变，还可以出现营养不良，造成贫血低蛋白的表现等。还有引起下肢深静脉血栓形成等后遗症，有的出现长期植物状态。