脚踝关节会疼的原因如下：
一、如果进行了剧烈活动，在活动时没有加强对脚踝部位的保护，有可能会导致脚踝部位扭伤就可引起脚踝关节疼痛。应当立刻原地休息，并且对局部进行制动和冷敷处理。在必要时还应就医治疗，避免关节损伤加重。
二、如果患有痛风疾病，可能会导致脚踝关节出现明显疼痛。在确诊以后主要是抗痛风治疗，并且严格限制高嘌呤类食物摄入。
三、脚踝关节疼痛部位还伴有明显的肿块，可能是腱鞘囊肿所引起。在严重时可通过手术治疗。