小肠镜和大肠镜肯定有区别，主要的区别有以下几个：
首先，检查部位不同。小肠镜主要用于检查人体小肠，包括十二指肠、空肠以及回肠。大肠镜用于检查人体大肠，包括结肠、直肠以及肛管。
其次，检查方法不同。人体小肠的长度最长为5~7米，所以小肠镜检查时，需要从口腔以及肛门分别进入进行检查。从口腔进入可以检查小肠的十二指肠以及空肠部分，从肛门进入可以检查小肠的回肠部分。大肠镜是指从患者的肛门进去，进行检查大肠。
小肠镜和大肠镜均属于内镜检查，在检查过程中还可以进行一些相关的内镜下治疗。