肠炎也可能会出现并发症，比如中毒性巨结肠，以及结肠穿孔、肠狭窄、大肠癌等。
肠炎是临床上比较常见的一种疾病，多数患者出现肠炎主要是以急性肠炎为主，急性肠炎一般不会引起并发症的出现。但是，对于慢性肠炎，特别是溃疡性结肠炎，可能导致下列并发症的出现。
急性爆发溃疡性结肠炎的患者或者是急性重症型的病人，容易出现中毒性的巨结肠。中毒性巨结肠扩张的患者，还容易出现结肠穿孔，导致患者出现弥漫性腹膜炎。肠狭窄是慢性溃疡性结肠炎晚期的一个最为主要的并发症，但是很少会造成肠道梗阻，而部分患者还会合并结肠癌。