最容易发生的副作用主要是过敏反应，出现皮疹以及胃肠道的刺激，出现恶心、腹痛、呕吐、食欲下降等。
还可能会出现发热或者肝功能的损害，导致转氨酶的升高。也可能出现骨髓抑制，导致白细胞减少、血小板减少。还可能会出现肾功能不全的副作用。在临床上应用起来要慎重，肾功能不全的患者，剂量要减半，不得擅自用药，需要在专业医生的指导下规范化使用。
别嘌醇属于一种抑制尿酸生成的药物，只要正规的应用，可以控制血尿酸在正常水平。