衣原体肺炎和支原体肺炎的主要区别是引起疾病发作的病原体不同。
衣原体肺炎是由衣原体感染引起的肺部炎症性病变，支原体肺炎是由支原体感染引起的肺炎表现。但是这两种病原体感染引起的肺炎症状体征都比较相似，使用的药物也基本相同，所以在治疗上可以使用同种药物进行治疗，也可以根据细菌培养以及药敏试验的检查结果，选择合适的药物治疗。
在临床上大多可以使用阿奇霉素、红霉素、罗红霉素等大环内酯类抗生素治疗，也可以使用强力霉素、加替沙星等对支原体、衣原体敏感的药物治疗。