军团菌肺炎和支原体肺炎的主要区别有以下几个方面：
一、感染的致病菌是不相同的，军团菌肺炎是军团菌的感染引起来的，支原体肺炎是支原体感染引起来的。
二、临床表现是有所不同的，军团菌肺炎往往会有高热的表现，往往会伴随有头痛以及腹泻等消化道的症状，还容易伴随有低钠血症。支原体肺炎典型的表现是干咳，也可以有头痛、肌肉酸痛等全身的症状。支原体肺炎的病人可能会出现发热，但是多以低热为主要的表现。
另外，也需要注意虽然军团菌肺炎和支原体肺炎是有相当大区别的，但是这两种疾病都归属于非典型肺炎，治疗起来有一定的相似性，比如应用青霉素或者头孢类的抗生素都是无效的，而是需要选择一些特定的抗生素，包括呼吸喹诺酮类的抗生素、大环内酯类的抗生素。