子宫内膜异位症和巧克力囊肿确实是相关的，巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，但是子宫内膜异位症患者除了可能有巧克力囊肿之外，有的是会有卵巢以外的其他部位的病灶的。
比如有的人在后穹窿子宫、直肠窝有子宫内膜异位病灶，或者有的人盆腔、子宫内膜异位灶广泛，会导致整个盆腔粘连的问题。也有很多人会在盆腔以外的其他位置有病灶，包括腹膜上或者是肺脏等，虽然这些几率是比较小的。
子宫内膜异位症是属于雌激素依赖性疾病，有的会在绝经后病灶自动地消失、痊愈，也有的子宫内膜异位灶会发生其它病变。