如果只是单纯的短腰畸形，引起的症状较轻，主要是以加强锻炼为主，多进行腰背肌的功能锻炼，不需要进行其它特殊治疗。
如果短腰畸形伴有严重的马尾神经受压的症状，或者是腰脊神经根受压明显，在保守疗法无效时应当进行手术治疗，解除神经的压迫，改善不适症状。如果短腰畸形引起了严重的畸形驼背，影响到了日常生活，可进行脊柱驼背畸形矫正术。
如果腰椎畸形伴有脊柱裂、脊柱侧凸等，可进行植骨术或者脊柱椎弓根螺钉内固定矫形术。患者日常也应调整心态，不要有过大的精神压力，也有助于病情的恢复。