甲状旁腺功能减退症的原因有甲状旁腺激素生成减少。包括有特发性的甲旁减还有家族性的甲旁减，以及继发性的甲旁减。
继发性的甲旁减，主要是继发于甲状腺，或者是颈前部手术以后出现的甲状旁腺功能减退。再有就是甲状旁腺激素分泌受到抑制，或者是作用障碍，也可以引起甲状旁腺功能减退。而基底节区钙化形成的最主要原因是因为甲旁减的患者会造成高血磷、低血钙。而高血磷和低血钙，不能形成正常的羟基磷灰石，会形成异常的钙磷复合物。
这种钙磷复合物不容易在骨组织沉积，而容易在软组织沉积，所以会形成基底节区的钙化。