肠结核和肺结核不需要分开治疗。肠结核和肺结核最基本的治疗是抗结核治疗，抗结核治疗的基本方法就是口服抗结核的药物。口服的药物可以通过血液进入到全身，从而发挥抗结核的作用。
肠结核虽然发生在肠道，但是结核药也不是在局部发挥作用，而是通过吸收入血在全身发挥作用。所以，发生肺结核和肠结核之后可以一起进行治疗。
少数肠结核的患者可以出现穿孔或者是梗阻，需要对患者进行手术治疗，避免患者发生严重的危险。属于肠道结核的单独治疗。