生殖器疱疹治疗的在用药上主要是外用药和口服药。如果疱疹症状比较严重，破损比较厉害，则口服的消炎药物，如果疱疹的面积比较大，又希望疱疹好的快一些，考虑静脉点滴抗病毒药物。
如果疱疹发作的不频繁，只是偶尔发作一次，一年也不超过八次，可以口服盐酸伐昔洛韦颗粒，连续七天。外用喷昔洛韦乳膏，一日六次。
在治疗期间一定要注意尽量不要沾水，要保持局部伤口的干燥、清洁，配合静脉点滴抗病毒药物，包括环磷腺苷、膦甲酸钠注射液等。
在发病期间，需要注意休息，清淡饮食，加强生殖器部位的清洁，预防继发感染，辅助免疫调节，促进早日康复。