一般肝硬化的病人会伴有甲胎蛋白的增高，主要是由于很多肝硬化的病人会出现不同程度的肝细胞破坏，而在肝细胞破坏之后，就会发生肝细胞的再生。而甲胎蛋白可以在新生的肝细胞中出现高度的表达，这就使很多肝硬化的病人会出现甲胎蛋白增高的情况。
通常情况下，肝硬化的甲胎蛋白往往是比较轻度的增高，绝大多数会小于200μg/L。而原发性肝癌的病人甲胎蛋白增高常常会大于500μg/L。
所以当临床上病人出现甲胎蛋白增高的时候，还应该进一步做肝脏的增强核磁共振检查，必要的时候可以在超声的引导之下做可疑病变的穿刺活检病理检查，来进一步做鉴别诊断。