少数睡眠呼吸暂停综合征的患者可以发生死亡。多是因为严重的呼吸睡眠暂停导致患者晚间睡觉时出现严重的低氧血症。部分患者还可以伴有二氧化碳潴留的现象，因严重的呼吸衰竭导致患者心肺功能受到损害。部分患者因呼吸暂停时间较长，容易发生猝死的风险。
另外，长期的未控制的呼吸睡眠暂停综合征的患者容易导致继发性的疾病，特别是高血压、糖尿病、冠心病，有时甚至诱发患者出现心绞痛、心肌梗塞、恶性心律失常，这些恶性疾病都可以导致患者发生死亡。部分患者因脑血管意外，例如脑梗塞、脑出血也会发生临床死亡。
还要注意呼吸睡眠暂停综合征的患者是发生肺栓塞的高危人群此时一旦其形成肺栓塞，患者也有临床死亡的风险。故针对此类疾病要早期予以呼吸机辅助其呼吸，改善其严重程度，减少并发症的形成。