男人阴茎部位疼痛最常见的原因是尿道炎，尤其是前尿道炎症最常见。除了阴茎痛，还会伴有尿频、尿急、尿痛，有时会有尿道分泌物。检查尿常规白细胞明显升高，尿道分泌物培养可见细菌、支原体、衣原体等病原微生物阳性。
尿道结石在排尿时也可以出现尿道明显疼痛。疼痛程度较重，可以伴有排尿困难和尿道滴血或者肉眼血尿。
阴茎疼痛有时是慢性前列腺炎所导致的。慢性前列腺炎导致的阴茎痛程度往往不重，而且不是持续性疼痛，常常伴有尿频、尿急、尿不尽等排尿症状，以及小腹部、会阴部胀痛等疼痛症状。