小儿苯丙酮尿症的危害主要有以下几点：
第一，容易造成小儿生长发育迟缓。如果得了苯丙酮尿症就会导致发育出现延缓以及智力低下，同时还会伴有语言障碍、运动障碍等。
第二，造成神经精神的危害。因为苯丙酮尿症可以导致严重的脑损伤，这样患儿除出现智能障碍外还有可能会出现抽搐的问题，并且伴有肌张力增高、反射亢进等症状表现。
第三，对皮肤和毛发造成危害。因为苯丙酮尿症会导致皮肤干燥、变白并且毛发颜色发生变化，主要是由于黑色素合成出现问题，这样毛发就会变为棕色、黄色。
苯丙酮尿症是一种可防、可治的先天遗传代谢性疾病，早期治疗孩子可完全正常。因此，要早发现、早治疗，避免对孩子造成严重危害。