肺部感染的治疗之前一定要完善相关的检查，初步判断其病情以及可能的感染致病原。通常需要行血常规、血沉、降钙素原、血培养、痰培养、痰结核菌涂片、痰真菌涂片以及胸部ct，甚至是支气管镜的检查，以初步判断其感染的致病原。
只有针对其感染的致病原，再予以相应的抗感染药物治疗。例如细菌性肺炎患者，通常需要予以相应的抗生素的抗炎处理。如果是肺结核引起者，要早期予以联合、适量、全程、规律的口服抗结核药物的治疗。
当然，如果是真菌性感染，要予以抗真菌的药，同时加强对症的处理，例如畏寒发热的患者，予以退热补液的治疗，咳嗽咳痰明显时可以加用止咳祛痰药物治疗。对于重症肺部感染患者，还有加强维护器官的功能稳定等。