肛周脓肿的手术方法主要有以下几种：
第一，脓肿切开引流术。手术就是单纯地将肛周脓肿脓腔切开，并保证脓液引流通畅，手术非常简单，可以在门诊实施，术后恢复快，术后短期内患者就可以恢复正常的工作与生活，但这种手术方式绝大多数会发展成为肛瘘，需要二期行肛瘘根治性手术才能完全治愈。
第二，肛周脓肿一次性根治术。在将脓肿切开引流的同时，需要寻找到肛周脓肿的内口，并将内口也一并切开，这种手术方式虽然创伤相对偏大，但可以一次性治愈，防止术后发展成为肛瘘而需要二次手术。
第三，肛周脓肿挂线术。对于一些脓腔位置非常高，不能一次性切开内口的高位肛周脓肿患者，可以先采取挂线术，也需要二期行肛瘘手术治疗。