大多肛瘘内口，可以通过肛门指检触及。肛瘘内口一般位于肛隐窝处，由于肛瘘的反复感染，会导致内口组织出现炎症反应，所以可以在肛门指诊时触及结节状内口。
如果内口偏大，甚至可以触及内口周围组织的炎性肉芽组织增生，但也有少数的肛瘘通过肛门指检并无法触及内口，需要在术前行一些相关的检查，例如瘘管造影、肛周磁共振等等，明确内口的位置，也可以在手术时经外口探入探针，寻找内口。
肛瘘内口位置的明确非常重要，术中遗漏内口的处理，是导致术后复发的主要原因。