颈椎MRI也就是颈椎的核磁共振，是不能够查出甲状腺囊肿的。
颈椎的核磁共振主要用于诊断颈部椎体的病变，椎间盘的病变以及椎管内肿瘤或者是脊髓的肿瘤变性等疾病。并不用于检查甲状腺的囊肿。
甲状腺囊肿可以通过彩超的检查以及颈部的核磁共振检查进行诊断。颈部的核磁共振主要用于检查颈椎周围软组织以及脏器，比如甲状腺的疾病。对于这些疾病有很好的特异性，在进行颈部检查时，往往用的各种扫描条件和颈椎核磁共振是有区别的。
所以，颈椎核磁共振不适合检查甲状腺囊肿，甲状腺囊肿可以通过颈部的核磁共振来检查，也可以通过颈部甲状腺的彩超进行检查。