妊娠期间如果查出有甲状腺囊肿这种情况，不要过度的担心。如果本身没有表现出任何症状，可以进行动态的观察，定期复查就可以了，也可以不用服药。
如果查甲状腺功能有异常，需要进行治疗的，一般甲亢的药物对胎儿影响比较小，在医师的指导下进行服药，可以正常的怀孕。但是，如果需要服用其它的药物，那么要注意药物有没有妊娠的禁忌，不要盲目的服药。
因此，妊娠期间查出了甲状腺囊肿以后，还是应该在专业医师的指导下，按照自身的具体情况进行系统的治疗。也不必过于担心，正确处理，并不影响胎儿。