轻微肛瘘绝大多数不会自愈。
对于一些瘘管非常短的皮下肛瘘，有可能会出现瘘管内上皮化，从而导致患者出现自愈，但比较少见。临床上绝大多数的肛瘘均需要通过手术治疗才能治愈，需要将肛瘘的瘘管以及内口切开，使其重新愈合才能完全治愈肛瘘。
而由于肛瘘瘘管会出现反复的感染，如果感染不在原外口位置破溃，就可能在感染的过程中增加肛瘘的外口，将单纯性的肛瘘变成复杂性的肛瘘，会增加后期治疗的难度，所以肛瘘患者应尽早行手术治疗。