男性生殖系结核是进行性结核病变，不经治疗不能治愈，因此，一旦发现生殖系结核要尽早治疗。生殖系结核的治疗必须全面考虑病人全身情况，选择最适当的治疗方法。
主要的两种方法有:
1.药物治疗。抗结核药物种类很多，首选药物为异烟肼、利福平、链霉素等杀菌药物。药物治疗关键是药物充分，时间足。一般至少治疗半年以上，早期病例用药6到9个月。即可能治愈。治疗中每月检查尿常规和尿找结核杆菌。连续半年尿中无结核杆菌称为稳定转阴。5年不复发可认为治愈。
2.手术治疗。男性生殖系结核的手术治疗，主要解决生殖系的附睾结核。附睾结核的解决有助于生殖系其他部位结核的愈合。手术在附睾病变局限后施行与肾结核相同，手术治疗前后均需配合抗结核药物治疗，手术前用药不应少于两周。
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