婴幼儿肛门疼痛的原因多种多样，应根据疾病的原因制定不同的治疗方案。常见的原因和治疗方法如下：
1.肛门出现感染甚至肛周脓肿，会导致婴幼儿的肛门疼痛。应及时给予消炎抗菌的药物，必要时可以静脉滴注。严重的肛周脓肿可能要进行手术切开引流。
2.便秘引起的肛门疼痛。应吃清淡易消化的流质或半流质食物。必要时可以使用开塞露。
3.肠道出现寄生虫导致肛门疼痛。可以服用打虫药。平时要保持肛门清洁干燥。婴幼儿肛门疼痛时要多休息，确保充足的睡眠。可以热敷或顺时针轻柔按摩婴幼儿的腹部，或服用益生菌进行治疗。如果婴幼儿正在吃母乳，母亲不要吃刺激性太强的食物。