阴茎上长小疙瘩可能是如下病因所致：
1.如果有不洁的性生活史，不幸被人乳头状病毒感染，可能就会在阴茎上长小疙瘩，这种小疙瘩类似菜花形状，表面有污秽，称为尖锐湿疣。如果不治疗，会越长越大，具有传染性，属于性传播疾病。
2.如果有包皮过长或者是包茎，合并病原体感染，患有包皮龟头炎，也有可能会出现炎症性的丘疹，看起来也像小疙瘩，经过抗炎治疗，丘疹样小疙瘩会逐渐消失。
3.长期的包皮过长或包茎，在冠状沟边缘会有针尖大小比较密集的珍珠疹。这种属于良性病变，往往长时间小疙瘩大小没有变化，一般可以行包皮环切术。珍珠疹若数量多，可以切除。若数量比较少，也可以观察。