睾丸肿痛的常见原因是病菌感染、外力损伤。来自睾丸组织以外的腺体以及组织病变也可引起睾丸疼痛，可见于前列腺炎、精索静脉曲张等疾病。经尿道入侵的病菌逆行感染至睾丸，可导致睾丸组织炎性肿大以及疼痛感。
过紧内裤以及在运动或劳作过程中，过大的外力作用于睾丸，可发生损伤性疼痛以及肿大。前列腺感染导致该腺体肿大，可反射性引起睾丸部位疼痛，在致病菌感染作用下也可导致睾丸体积炎性肿大。精索静脉曲张疾病影响睾丸以及阴囊内其他组织供血，伴随感染等也可引起睾丸肿痛。