脑发育不良是否需要手术治疗，主要依据患者的病情程度来决定。
如果脑发育不良的病情不太严重，可考虑保守治疗，主要是针对病情进行药物治疗，在应用药物时应考虑对患儿脑部整体发育的影响。如果是小脑发育不良且存在共济失调的病人，可选择5-羟色胺进行治疗，利于改善临床症状。同时可应用三磷酸腺苷、B族维生素予以治疗，利于改善脑部代谢和脑功能。如果合并癫痫发作，应配合应用抗癫痫的药物。
如果患者出现骨骼和面部畸形，可考虑进行颅骨减压术、矫形术，利于减轻神经功能的损伤。部分患者预后较好，部分患者可能出现自理能力丧失。