由于枕骨大孔畸形存在先天性的畸形，并且大多数枕骨大孔畸形患者存在不同的症状，一般影响正常的生活质量，因此多需要手术治疗。
对于有神经结构受压症状和颅内压增高症状的患者，特别是磁共振上显示脊髓空洞、脊髓积水形成者需手术治疗。手术的目的在于消除压迫和降低颅后窝压力，维持颅颈交界处稳定。
手术的原则：
第一，根据延髓一颈髓受压的情况，分别采用前路或后路手术减压。
第二，凡颅颈交界处不稳定者，应做内固定治疗。