大部分心房扑动的患者不需要行手术治疗。除非是患者有明显的症状，药物治疗效果不好，可以考虑进行射频消融手术根治。
心房扑动的治疗主要是首先积极地治疗原发疾病。只有治疗原发疾病才能预防病情进展，对于愈后也有帮助。如果新发的心房扑动，可以先考虑通过药物或者是电复律的手段转律并维持正常的窦性心率。
难以转复的患者主要是长期口服药物，控制口心室率可以选择美托洛尔、地尔硫卓、地高辛等。评估是否需要应用抗凝药物及出血风险等等。具体如何用药及是否需要手术，都应该由专科医生来做出判断。