十二指肠位于中上腹部、胃与空肠之间，是小肠的起始部分，整体呈C字形，包绕胰头，十二指肠又分为上部、降部、水平部和升部四部分。
上部起自胃的幽门部，水平行向右后方，经肝门下方、胆囊颈后下方转为降部。邻近幽门的部分又被称为十二指肠球部，是消化性溃疡的好发部位之一。
降部起自十二指肠上曲，终于十二指肠下曲，降部的黏膜呈环状皱襞，其中隆起的部分为十二指肠乳头，是肝胰壶腹的开口部，接受胆汁和胰液等消化液进入小肠。
水平部又称下部，邻近肠系膜上动脉和静脉。当肠系膜上动脉压迫十二指肠水平部时，可以出现肠系膜上动脉压迫综合征。升部最短，后连接空肠。