原发性虹膜囊肿分为三期：
第一期，无症状期，没有任何临床症状或者是视力减退。
第二期，刺激期，有虹膜炎的表现，畏光、流泪、视力减退。
第三期是青光眼期，眼球胀痛，发生于色素上皮的虹膜囊肿，为棕色圆形或椭圆形的囊性小体，透照试验阳性，它可位于瞳孔缘、虹膜中周部或者虹膜周边部，发生于基质层的虹膜囊肿，见于儿童，囊肿的前壁清晰，包含液体，有些虹膜囊肿可脱落至前房、前房角或玻璃体内。
继发性虹膜囊肿，如果是外伤植入性的，囊肿薄，囊腔内含有淡黄色液体或者是呈灰白色、圆形或卵圆形小肿物，如珍珠样大小，囊肿常常增大，可导致前葡萄膜炎和继发性的青光眼。