舌下腺囊肿是由导管阻塞或腺体损伤所致。由于细小结石或者是导管弯曲导致唾液排泄受阻，远端导管阻塞，近端导管和腺体液体积聚，久而久之形成囊腔，这种类型的囊肿称之为滞留性囊肿。还有一种外渗性的囊肿，它主要是腺体损伤导致粘液外渗进入组织间隙形成的。
舌下腺囊肿发生于口内者可以造成重舌的表现，它影响咀嚼、吞咽和言语。也可以发生于口内和口外之间，形成哑铃型的表现。只发生于口外者，肿胀可以压迫气道，严重者导致呼吸困难。
目前有效的治疗舌下腺囊肿的方法是手术切除。为了防止复发，常将舌下腺也一起一并切除。