脑干堵塞的病人如果是在急性期内，可以采取溶栓或者血管内治疗的方法治疗，通常会有比较好的疗效。
也可以采取常规的方法治疗，也就是在医生的指导下，应用阿司匹林或者氯吡格雷等抗血小板凝聚的药物，以及阿托伐他汀等有稳定斑块作用的药物。可以用银杏达莫、血栓通、依达拉奉、曲克芦丁等药物输液。
如果有明显的颅内压增高的症状，也可以应用甘露醇做脱水和降低颅内压治疗。要密切监测患者生命体征以及瞳孔的变化，适量地补充离子和营养，防止电解质紊乱，要做好病人的护理，预防肺部感染。