脑干堵塞的患者，应该口服阿司匹林或者氯吡格雷抗血小板聚集。口服他汀类药物调脂、稳定斑块，常用的有辛伐他汀、瑞舒伐他汀、阿托伐他汀。可以口服脑保护的药物，比如奥拉西坦、吡拉西坦和胞磷胆碱。
如果考虑是心源性的脑栓塞，可以口服一些抗凝的药物，比如华法林等。患者如果发病时间较短，比如在发病时间4.5小时之内，可以进行溶栓治疗。
如果患者脑干堵塞多数可能会有基础疾病，比如高血压、糖尿病和高脂血症。有上述疾病时要积极调控，降血压的药一般选用长效制剂，比如左旋氨氯地平、厄贝沙坦；降血糖的药物首选二甲双胍口服等。