治疗尖锐湿疣主要以局部外用抗病毒类药物为主，很少通过口服抗病毒药物进行治疗。
尖锐湿疣是由于感染人乳头瘤病毒导致的一种疾病，现阶段并没有特效治疗尖锐湿疣的抗病毒药物，局部外用的抗病毒药物，主要包括干扰素凝胶，也可以外用具有腐蚀性以及抗肿瘤类药物进行治疗，例如三氯乙酸、氟尿嘧啶等。
由于尖锐湿疣的发病与机体免疫力强弱具有直接关系，所以，配合服用免疫调节剂是治疗和预防尖锐湿疣的关键，例如胸腺肽肠溶胶囊和转移因子口服溶液，以及贞芪扶正颗粒等药物。