肛瘘之所以会久治不愈是因为肛瘘内口和外口之间存在有压力差。
肛瘘是肛门周围皮肤与直肠内出现了异常的瘘管，瘘管的一头位于肛周皮肤称为肛瘘的外口，另一头位于直肠内的肛腺处称为肛瘘的内口。
由于正常人的肛管内有压力，而无论肛管的静息压以及收缩压均高于外界的大气压，这就导致了肛瘘的内口压力高于外口，两者之间就造成了一定的压力差，就会导致污染物质会持续不断从内口进入瘘管而引发瘘管出现感染，并且感染物质会从外口流出。瘘管单向地流动就会导致肛瘘经久不愈，最终需要通过手术治疗才能完全治愈。