咽畸胎瘤的治疗主要是通过手术和放化疗等方式来处理。
因为目前没有有效的药物，可以促进咽畸胎瘤自行消退或好转。因此，对于良性的咽畸胎瘤，可以直接选择手术切除的方式，将畸胎瘤进行全部的切除，切除后一般疾病不会再次复发。但如果是恶性的咽畸胎瘤，则在进行手术切除后，还应该结合放疗和化疗等手段来清除身体内可能残留的癌细胞，才能尽量降低疾病治疗后复发的几率。
恶性咽畸胎瘤在治疗后，应定期进行随访检查，确定疾病情况。