肛周脓肿手术的时间需要结合肛周脓肿的手术方式。目前在临床上肛周脓肿手术方式有两种，
第一种为单纯切开引流术，
第二种为肛周脓肿一次性根治术。
其中单纯行肛周脓肿切开引流术的患者，手术时间大约在15分钟左右。手术比较简单，只要将脓腔切开并分离脓腔内的间隔，保持脓腔引流通畅就已经完成手术。而对于肛周脓肿一次性根治术，由于手术相对复杂，术中在切开脓腔引流的同时需要探查内口，并将内口切开，所以手术时间大约需要半小时左右。