肝脓肿是肝脏的一种良性疾病，是肝内的化脓性病变，所以患者常常会有发烧、畏寒、肝区疼痛等炎症感染的症状，检查化验会出现白细胞计数升高，肝区叩击痛、触痛比较明显，影像学检查可能会有一些液体平面，肿块壁厚度厚薄不均，凹凸不平的改变。
而肝癌是肝脏的恶性疾病，早期肝癌患者会表现为食欲下降、失眠、体重下降、肝掌和蜘蛛痣、面色黝黑，晚期肝癌会表现为肝脏肿大、腹水、腹壁静脉曲张、呕血、便血等症状，影像学检查是一种实性的改变。
两个疾病最终的鉴别需要进行肝穿刺活检，这样可以明确诊断。