输精管问题一般不会造成睾丸萎缩。
输精管疾病通常会影响到男性的生育能力。比如输精管炎。当炎症在加重后会导致输精管堵塞，就会引起男性不育，应当先进行抗感染治疗。如果药物治疗效果不理想，输精管还是存在堵塞的情况，应当考虑进行输精管复通术，将输精管复通后，精子排出的通道会通畅，男性的生育能力可再次恢复。
如果是先天性的输精管缺如，也会导致男性先天性不育。此种先天性疾病通常无法治愈，男性可通过其它辅助生殖技术进行生育。