输精管缺如有可能会导致睾丸萎缩，输精管缺如多是先天性遗传因素导致的先天发育异常性疾病。
输精管是精液的排出通路，当双侧输精管均缺如时，睾丸、精囊及前列腺等生殖器官共同形成的精液就不能排出体外，从而储存在生殖器官内，就可能会导致睾丸内的压力逐渐增加。从而对睾丸正常组织产生压迫，影响到睾丸正常组织的血液循环，影响到睾丸的生长发育，病情严重时可能会导致睾丸萎缩。
治疗上可通过手术重建输精管等，另外患者还可能存在其他生殖器官的发育异常，需要到泌尿外科就诊，完善相关检查以明确诊断，予以治疗。