头孢克肟比较常见的不良反应，为胃肠道的一些不适症状，比如部分患者在服药后，可出现轻度腹泻、胃部饱胀等不适感，有时还可出现恶心、呕吐、腹痛、食欲不振、胃部的烧灼感等。
头孢克肟的另一类不良反应，为皮肤过敏症状，比如出现荨麻疹、皮肤瘙痒、红斑、皮疹，甚至也可出现全身的皮肤潮红，并可伴随呼吸系统的不良症状，如呼吸困难、喉头水肿等。
如果患者在使用头孢克肟后出现不良反应，无论严重与否，建议都需要先暂停服药，并尽快就诊，在医生指导下做对症处理为宜。