头孢克肟属于一种常用的抗生素，最为常见的不良反应包括腹胀、恶心、腹泻等胃肠道反应，部分患者可能会出现荨麻疹、发热、皮肤瘙痒、皮疹等轻微且一过性的过敏反应。
如果短期内大剂量应用，还有可能会引起昏迷、抽搐等中枢系统毒性反应。其他一些不良反应，包括白细胞减少、血小板减少或增多，以及肝功能异常。如果与酒精同服，可能会诱发双硫仑样反应。从整体来看，头孢克肟的不良反应发生率不是很高，多数患者用药后并未出现明显的不适。
但是在应用头孢克肟治疗期间，需要严格按照医嘱用药，不可擅自更改用量及用法，其次还要密切监测相关指标。